Çiftçi Kayıt Sistemi, Gerçek ve Tüzel kişilerin bitkisel üretim faaliyetlerinin kayıt altına alındığı yazılımdır. Bu kayıt sistemi ile, desteklemeye tabi bitkisel üretimin takip edilir ve istatistikleri tutulur. Sistem üzerinden parsel, ürün, dönem, üretim tipi vb. gibi raporlama alınabilir. Bitkisel sistemlerinin tamamına yakını ÇKS ile entegre çalışmakatadır. Tarım ve Orman Bakanlığı dışındaki bir çok kamu kurumu ve bankalar da web servisler ile ÇKS'ye bağlantı kurar.